С IV в. начинает развиваться коптское церковное искусство. В нем также присутствует смешение стилей. Христианский крест соседствует в храме с атрибутом фараонов - "Анхом" (пер. как "жизнь"), которому ранние копты поклонялись как распятию. По сторонам обоих крестов зачастую стоят статуйки, изображающие греческие буквы "альфа" и "омега", символизируя начало и конец всего сущего. Настенная живопись и иконы, выполненные в древнеегипетской традиции, изображают сцены из Библии: Дева Мария с младенцем Иисусом имеют здесь облик языческой богини Исиды и ее сына Хора, Святой Дух списан с ширококрылой птицы, которая в культе мертвых эпохи фараонов воплощала душу умершего. Колоннада в коптских храмах заимствована из египетской культовой архитектуры, а в многообразном использовании художниками ярких орнаментов прослеживается связь с искусством ислама.
Говоря об архитектуре коптов нельзя не упомянуть о том, что большое число памятников этого искусства было утрачено, и не без вины…археологов. Дело в том, что многие исследователи, интересуясь только Древним Египтом, открывали гробницы фараонов и разрушали украшавшие их коптские фрески, стремясь добраться до более древних слоев. Ни фотографий, ни даже зарисовок с коптских фресок никто и не думал делать. Одним из таких удручающих примеров может послужить случай с археологом Жаном Франсуа Шампольоном, известным миру тем, что он расшифровал надпись на Розеттском камне. Шампольон обнаружил в Фивах замечательно сохранившуюся церковь V века, но в своих официальных отчетах не упомянул о ней вовсе! Памятников коптской архитектуры того времени сохранилось очень немного - см. раздел о религии Коптские христиане.